Sobekhotep là con trai của 'người cha của vị thần' Haankhef và 'người mẹ của đức vua' Kemi. Ông nội của ông là người chỉ huy trung đoàn của thành phố Nehy. Bà nội của ông có tên là Senebtysy. Sobekhotep có thể đã có một vài người vợ, nhưng chỉ có duy nhất một người trong số đó là được biết rõ, "người vợ của đức vua" Tjan. Một vài người con của ông cũng được biết đến. Họ là Amenhotep và Nebetiunet, cả hai đều là con của Tjan. Ngoài ra còn có thêm ba người con trai của đức vua khác là: Sobekhotep Miu, Sobekhotep Djadja và Haankhef Iykhernofret. Mẹ của họ không được ghi lại trong các ghi chép hiện còn.[2]